导师指导学生做科研，完成毕业论文，然后再整理发表在期刊上，应该是很正常的过程。至于期刊论文导师为第一作者，本是一个见仁见智的事情。我知道一位教授（在海外）的一个博士生，期间发表了5-6篇期刊论文，都是导师第一作者，学生第二作者。说是在的，很难相信一个硕士（甚至博士早期）生会在研究中起**主要**作用，乃至超过导师。其实导师也在学位论文上花了很大精力，尽管上面没有导师的署名。

至于说学生变成了第三作者，jubao有兴趣可以更深入地调查一下看的第二作者的作用，或者是挂名但未参与，或者是有贡献但没法在毕业论文上署名。但不管怎么说，仅仅凭jubao文中的依据就说是抄袭，似乎显得有点草率或言过其实。