首先，看其摘要，承认按传统方法制备的黄花蒿药物仍然在全球范围内使用，尽管现代方法提取的药物早已存在。这是一个广泛性的事实，而且没中医或传统疗法什么事。把传统制备法推向全球范围去，你说说世界卫生组织之类的机构呢，还是俺们的中医？
然后提到黄花蒿所反映的两种approaches，现代药物单打一，传统的“整体”药物，哪个更有效。作者指出的讨论目标是那些声称后者“更”有效的人。作者应当是反对这个“更”。另外注意其言二者存在hot debate。既然是hot debate，望文生义我们知道是旗鼓相当，而不是前者主流，后者不值得重视。
再看德国人的实验，其并没有介入这种大而化之的争论，而只是用实验检验二者有效性。其结果仍然是说现代方法更有效，不推荐传统方法。但是其承认传统制备法见效是可以明显观察到的。问题是复燃率高。
所以实验观察结论和你引这篇文章不矛盾甚至同一。
所以说，说holistic approach是非主流的，是否如此是另外一回事。何况作者都承认是争论热点。
所以说，德国人实验和你引的文章不矛盾。
而方舟子的讨论完全不在这个层面上，他说的是十分具体明确的，古籍青蒿方子，无论是否有效，其制备方法不可能达到效果。就这个问题而言，德国人的实验无意中顺便否定了他。